Катализатор объясняет Шепарду имеющийся у него выбор, и в этот момент у него происходит помутнение разума, во время которого слышит отдалённый голос своего компаньона, которого он взял с собой (допустим это был Гаррус), то же самое происходит в моменте, когда происходит разговор между Призраком и Шепардом. Внезапно Шепард, закрыв глаза, делает несколько шагов вперёд и падает. При этом он видит разрушение ретрансляторов и крушение Нормандии. Он открывает глаза и видит перед собой лицо своего напарника который пытается привести его в чувство, затем он объясняет что увидел Шепарда когда того задел луч жнеца и тут же побежал к нему. Когда он приблизился к нему, Шепард выстрелил (возможно, в тот момент он считал что это тот самый Марадёр Шилдс) Гаррус подхватил его и перенёс к руинам, в которых засели выжившие бойцы альянса и недавно прибывшие подкрепления. Окончательно придя в чувство, Шепард узнал от Гарруса что несколько членов его команды во главе Андерсона прорвались к лучу и попали на цитадель, в этот же момент неожиданно появились силы цербера которые также попытались пробраться к лучу но к несчастью для них появились дополнительные корабли жнецов, защищающие путь к телепорту на цитадель. Так же Шепард узнаёт о своих товарищах которые погибли/выжили в зависимости от того сколько у игрока очков готовности(большой флот -спустилось меньше жнецов/маленький флот – спустилось больше). Так же мы узнаем, что Нормандия попала под удар жнецов, и Джокеру пришлось совершать жёсткую посадку неподалёку от Лондона. Насколько известно большая часть экипажа выжила. Лиара/СУЗИ узнают, что Призрак располагает неким оборудованием, с помощью которого можно использовать катализатор в определённых целях, это значит, что часть информации с Марса всё-таки попала к нему. Через некоторое время цербер даёт бой жнецам и им удается их отвлечь. Группа Альянса узнает, что несколько машин цербера выехали в сторону луча, когда жнецы отвлеклись и скорее всего в одном из них находится Призрак. Шепард с небольшим отрядом выехал следом за машинами цербера. Приехав к лучу, они обнаружили оставленный транспорт цербера и несколько их бойцов. Уничтожив их, они в итоге смогли добраться до луча и перенестись в цитадель, оказавшись на месте, Шепард ощутил, что он здесь уже был. Внезапно послышался голос из рации. Это был Андерсон. Он сообщил им о том, что они добрались до центрального зала и готовы к стыковке горна, а так же что они обороняют центральный зал от хасков и других тварей. Это значило, что отряд цербера пока ещё не добрался до главного зала. Отряд Шепарда отправляется вперёд и вскоре настигает бойцов цербера, и им удаётся их одолеть. Призрака среди них не оказалось. В итоге группа достигла центрального зала. Шепард встречает Андерсона и своих товарищей. В этот момент появляется Призрак. Благодаря части данным, которые ему удалось заполучить с Марса, он обнаружил скрытый протеанскими учёными артефакт на Иле, который бы позволил ему управлять горном. Призрак стал выглядеть, точно так же как видел его Шепард в своём видении. Сначала происходит короткая схватка, в которой Призрак выводит практически всех присутствующих из строя при помощи мощной энергии издаваемой артефактом. Затем в разговоре есть возможность убедить Призрака в том, что тот находится под действием одурманивания и призрак убивает себя, если это не удаётся, то его убивает Андерсон, который нападёт на него во время их разговора. Затем после небольшого разговора с Андерсоном и товарищами Шепард вставляет артефакт в разъём в центре зала горн активируется, жнецы отключаются, либо они берутся под контроль. Далее появляется древнее сообщение, хранившееся в этом артефакте. Появляется голограмма хранителя (одного из безмолвных существ управляющих цитаделью), который говорит о том, как они создали жнецов, которые впоследствии поработили их разум. После этого Жнецы уничтожали любые расы, которые представляли для них угрозу. Хранители хотели отключить их с помощью цитадели, распространяя импульс передаваемый горном на обширные пространства, но в итоге, как нам известно, у них не хватило на это времени, чертежи горна, а также его строительство легло на плечи последующих обитателей галактики.