Доктор Эггман (он же доктор Роботник) снова превращает животных Мобиуса в роботов, используя своё чудовищно хитроумное изобретение, Veg-o-Fortress. Лишь Соник может проникнуть в систему обороны Пинболла, чтобы освободить животных, захватить Изумруды хаоса и положить конец дьявольским планам доктора...