Вторая часть проекта «Xenonauts», не является непосредственным продолжением первой части, а совершенно новая игра, действие которой происходит в несколько альтернативной вселенной, во время Холодной войны. Разработчики решили перейти на движок Unity3D, чтобы сделать игру трёхмерной и легко модифицируемой.