Homeworld: Deserts of Kharak является приквелом к оригинальной Homeworld и сюжет расскажет историю исследовательницы Рэйчел C’джет (Rachel S'jet). Планета умирает, но где-то далеко в южных песках Кхарака (Kharak) открыта странная аномалия, которая вселяет надежду на спасение. В пески, контролируемые врагом, отправляют экспедицию для расследования аномалии, которая может навсегда изменить судьбу всего человечества.